У "Шрек 3" на Шрека чекає нова пригода, адже він наступний у черзі на те, щоб стати королем Тридев'ятого царства. Однак він не зацікавлений у правлінні і відчуває себе перевантаженим відповідальністю. Натомість він тужить за своїм болотом і мирним життям, яке він мав зі своєю родиною людожерів. Щоб вирішити цю проблему, Шрек вирушає в подорож, щоб повернути законного спадкоємця престолу Артура Пендрагона, сором'язливого і невпевненого в собі підлітка. По дорозі Шрека супроводжують його вірні друзі, Осел і Кіт у Чоботях.
Тим часом Чарівний Принц, який гірко переживає свою попередню поразку, збирає всіх казкових лиходіїв, щоб захопити трон для себе. Поки Шрек у від'їзді, лиходії, серед яких Капітан Крюк і Зла Королева, приєднуються до Чарівного і нападають на Тридев'яте королівство. Фіону, дружину Шрека, разом з іншими принцесами, Попелюшкою, Рапунцель і Білосніжкою, захоплюють і тримають у заручниках у замку. Вони сповнені рішучості взяти ситуацію в свої руки і втекти.
Шрек, Артур, Віслючок і Кіт у чоботях стикаються з різними випробуваннями на своєму шляху, викладаючи Артуру важливі уроки хоробрості та віри у власні сили. У Тридев'ятому царстві Фіона та принцеси звільняються і з несподіваною допомогою Сплячої красуні перемагають лиходіїв та відновлюють контроль над королівством.
Коли Шрек і його супутники повертаються, вони знаходять королівство в надійних руках і розуміють, що їхня подорож допомогла їм вирости. Шрек, усвідомивши власну цінність і важливість як батька, приймає свою відповідальність як потенційний король. Однак Артур робить крок вперед, щоб зайняти трон, показуючи Шреку, що він більш ніж здатний, і Шрек щасливо повертається до свого улюбленого болота з Фіоною та їхніми дітьми-людожерами, нарешті примирившись зі своєю справжньою ідентичністю та місцем у світі.