У "Людина-павук 3: Ворог у тіні" життя Пітера Паркера різко змінюється на гірше, коли його поглинає темрява після того, як інопланетний симбіонт прикріплюється до його костюма, посилюючи його агресивні тенденції. Поки він бореться зі своїми внутрішніми демонами, страждають і стосунки Пітера, зокрема його роман з Мері Джейн Вотсон. Тим часом в'язень-утікач Флінт Марко стає Піщаною людиною після невдалого наукового експерименту, намагаючись забезпечити свою хвору доньку. Крім того, новий лиходій, Гаррі Осборн, продовжує справу свого батька як Новий Гоблін, прагнучи помститися Пітеру за смерть свого батька. Серед хаосу найкращий друг Пітера, Гаррі, відкриває свою таємницю, що ще більше посилює напругу. Коли місто стикається з численними загрозами, Людині-павуку доводиться протистояти особистим труднощам, щоб захистити своїх близьких і врятувати Нью-Йорк від знищення.