Події фільму розгортаються у 1950-х роках, коли вагітна молода жінка на ім'я Мері (Сабріна Керн) шукає притулку в монастирі, яким керує таємнича мати-настоятелька (Керолін Хеннесі). Спочатку вдячна за притулок, Мері незабаром дізнається, що монастир приховує темні таємниці та пригнічуючі практики. Потрапивши в кошмарну ситуацію, Мері мусить протистояти злим силам, що діють у грі.
Фільм досліджує теми жаху, психологічних тортур і зловживання владою в межах, здавалося б, освяченої інституції. "Свята Агата" поєднує елементи релігійного жаху з напруженою оповіддю.