У другому сезоні "Загадки Мердока" детектив Вільям Мердок продовжує розкривати злочини в Торонто початку 20-го століття, використовуючи свої інноваційні криміналістичні методи.
Сезон починається з того, що Мердок розслідує вбивство молодої жінки, знайденої в католицькій церкві. Заглиблюючись у справу, він виявляє зв'язок із харизматичним релігійним цілителем, який може бути не таким доброчесним, як здається.
В іншому епізоді видатного бізнес-магната знаходять мертвим у своєму офісі, і Мердок розкриває павутину обману і зради серед членів його сім'ї, які змагаються за контроль над сімейним статком.
Коли зникає маленький хлопчик, Мердок змушений бігти наввипередки з часом, щоб знайти його, поки не стало надто пізно. Йдучи по сліду, він викриває зловісну операцію з торгівлі дітьми, що відбувається прямо під носом у міста.
Тим часом особисте життя Мердока ускладнюється, оскільки він намагається розібратися у своїх почуттях до доктора Джулії Оґден, своєї колеги і друга, і водночас має справу з постійною присутністю її нареченого, доктора Дарсі Ґарленда, який є конкурентом за її прихильність.
Посеред усього цього хаосу Мердок береться за справу серійного терориста, який нападає на будівлі в Торонто. За допомогою своїх вірних колег, серед яких констебль Джордж Крабтрі та інспектор Брекенрейд, Мердоку вдається розплутати хитромудрі мотиви вибухів і притягнути винних до відповідальності.
Наприкінці сезону Мердок стикається зі своїм найбільшим викликом, коли стає головним підозрюваним у розслідуванні вбивства. За допомогою своїх союзників він повинен довести свою невинуватість і викрити справжнього вбивцю, перш ніж його життя і кар'єра будуть зруйновані назавжди.
Завдяки поєднанню інтригуючих таємниць, історичної достовірності та чарівних персонажів, 2 сезон "Загадки Мердока" тримає глядачів на краєчку крісла, з нетерпінням чекаючи на кожну нову справу.