У першому сезоні "Наруто: Шипуден" історія продовжується через два з половиною роки після того, як Наруто Узумакі покинув Конохаґакуре, Село Прихованого Листя, щоб тренуватися з Дзірайєю. Коли Наруто повертається, він дізнається, що на його село напали Акацукі, група ніндзя-ізгоїв, які прагнуть захопити могутніх Хвостатих Звірів.
Наруто возз'єднується зі своїми друзями та колегами-ніндзя, разом вони працюють над зміцненням своїх здібностей і захистом села від загрози Акацукі. Попутно Наруто дізнається про справжні наміри таємничої організації та їхній план захоплення його, господаря Дев'ятихвостого Лиса.
Сезон демонструє низку напружених битв та емоційних моментів. Сакура Харуно, напарниця Наруто по команді, бореться зі своїми почуттями до Наруто та бажанням стати сильнішою. Саске Учіха, суперник Наруто і колишній товариш по команді, стає на темний шлях, прагнучи влади, щоб помститися за свій клан.
Коли плани Акацукі розгортаються, Наруто та його союзники стикаються з грізними супротивниками, такими як Дейдара та Сасорі, які володіють унікальними здібностями та смертоносною зброєю. Тим часом Наруто тренується з Какаші Хатаке, щоб опанувати стихію вітру та розвинути свою нову техніку - расеншурікен.
Сезон також досліджує минуле Какаші, розкриваючи його трагічне дитинство та події, які сформували його як вправного ніндзя, яким він є сьогодні. Наруто та його друзі стикаються з численними викликами, випробовуючи свою вірність і рішучість захистити своє село та своїх близьких.
Наприкінці сезону Наруто опиняється віч-на-віч зі своїм колишнім другом Саске, який перетворився на грізного антагоніста. Їхня битва відображає їхні суперечливі ідеології та емоційний зв'язок, що призводить до драматичного протистояння, яке залишає їхнє майбутнє невизначеним. Сезон закінчується рішучістю Наруто повернути Саске до села та обіцянкою нових захопливих пригод у наступному сезоні.