Іттокі Сакураба, який живе з матір'ю-одиначкою, вважає себе звичайним школярем, який старанно вчиться і відвідує позакласні заняття. Усе різко змінюється, коли його намагається спокусити, а потім убити красива дівчина Сатомі Цубакі, яка насправді є членом смертоносного клану Кога. Юнак дивом уникає загибелі, і в цей момент він дізнається від своєї матері про своє справжнє походження: виявляється, що він — 19-й спадкоємець поважного роду ніндзя Іга. Головному герою доводиться прийняти свою незвичайну долю та вступити до спеціальної академії ніндзя, де він набуде навичок і знань, необхідних для того, щоб постояти за себе.