У другому сезоні "Зоряної брами Атлантиди" команда дослідників продовжує мандрувати галактикою Пегаса в пошуках шляху додому. Вони стикаються з новими загрозами, такими як асури, просунуті людиноподібні реплікатори, які виявляються грізним ворогом. Команда також має боротися з Рейфами, расою вампірів-інопланетян, які прагнуть харчуватися мешканцями галактики. Коли напруга зростає, а альянси випробовуються на міцність, їм доводиться покладатися на свою винахідливість і кмітливість, щоб вижити. З кожним новим відкриттям вони наближаються до розгадки таємниць Атлантиди і знаходять спосіб захистити Землю від цих міжгалактичних загроз.