У третьому сезоні "Черепашок-ніндзя" черепашки-борці зі злочинністю - Леонардо, Рафаель, Донателло та Мікеланджело - продовжують свої битви проти злого Шреддера та його Клану ніг.
Сезон розпочинається з того, що черепашки стикаються з новими викликами, коли вони зустрічаються з різними мутованими лиходіями, серед яких Слеш, Шкіряна голова та Щурячий король. Блукаючи небезпечними вулицями міста, черепашки натрапляють на таємничий артефакт під назвою "Око Сарната", який володіє величезною силою і стає центром їхньої уваги.
Тим часом Шреддер прагне отримати контроль над артефактом для власних зловісних цілей, що призводить до інтенсивного протистояння між черепахами та Кланом ноги. Однак черепахи стикаються з несподіваним поворотом, коли виявляють, що Око Сарната має власну свідомість і не таке просте, як здається.
Заглиблюючись у таємниці, пов'язані з артефактом, черепахи відкривають давно приховані секрети про своє походження та зв'язок з могутньою расою прибульців, що зветься Утромами. З допомогою Ейпріл О'Ніл, Сплінтер та їхнього нового союзника, Втікача, черепахи вирушають у небезпечну подорож, щоб не дати Шреддеру здобути остаточну владу.
Протягом усього сезону черепашки стикаються з численними ворогами, беруть участь у захопливих битвах і використовують свої унікальні навички ніндзя, щоб захистити улюблене місто від знищення. Коли доля Нью-Йорка висить на волосині, черепашки мають покластися на свою командну роботу, хоробрість і непохитну рішучість, щоб врятувати день і перемогти Шреддера раз і назавжди.