У четвертому сезоні "Черепашок-ніндзя" черепашки-борці зі злочинністю продовжують захищати вулиці Нью-Йорка від злих сил, які загрожують його спокою. Черепашки стикаються з новими викликами, коли їм доводиться боротися з безліччю грізних ворогів, серед яких трицератони, інопланетні загарбники з Виміру Ікс, які прагнуть завоювати Землю. Разом зі своїми союзниками-людьми, Ейпріл О'Ніл та Кейсі Джонсом, черепахи вступають у запеклі бої проти цих позаземних загроз.
Вирішуючи проблеми свого повсякденного життя, черепахи також прагнуть розгадати таємниці свого походження. Вони відкривають таємниці про своє минуле і свій зв'язок з мутагеном, який перетворив їх на черепах, якими вони є сьогодні. Це одкровення відправляє їх у подорож самопізнання та самореалізації, поглиблюючи їхній зв'язок як братів і воїнів.
Протягом усього сезону черепахи також протистоять Шреддеру та його Клану ніг, які не полишають наміру знищити їх раз і назавжди. Шреддер виношує різні диявольські плани, щоб перемогти черепах, включаючи створення потужної армії мутантів і випускання на волю древніх істот. Однак непохитна рішучість черепашок та їхня майстерність ніндзя дозволяє їм знову і знову перехитрити Шреддера і розбити його плани.
Поміж усіма діями та пригодами, черепахи знаходять моменти дружби та гумору, підкреслюючи унікальність кожної черепахи. Леонардо продовжує керувати командою з відвагою та дисципліною, Рафаель часто потрапляє в халепу через свою запальність, розум та технологічні навички Донателло виявляються безцінними, а безтурботна та весела натура Мікеланджело підтримує командний дух. Разом вони демонструють важливість командної роботи та сім'ї перед обличчям негараздів.
Своєю непохитною рішучістю та незламним духом Черепашки-ніндзя вкотре доводять, що вони є героями, з якими варто рахуватися, адже вони борються за захист свого міста та розкривають правду про власне походження.