У другому сезоні "4400 зниклих" таємниця повернення 4400 людей, які зникли за останні 60 років, поглиблюється. NTAC, урядова агенція, що займається розслідуванням повернення, стикається з новими викликами, оскільки все більше людей виявляють надзвичайні здібності. Том і Діана, агенти NTAC, намагаються підтримувати порядок і захищати як репатріантів, так і населення в цілому. Тим часом з'являється радикальне угруповання, відоме як "Нова група", яке вважає, що репатріанти - це загроза, яку треба викорінити. Напруга зростає, і NTAC змушений змагатися з часом, щоб з'ясувати правду про загадкову появу 4400 і запобігти потенційній катастрофі.