У третьому сезоні "4400 зниклих" драма загострюється, оскільки репатріанти, люди, які таємниче зникли протягом минулого століття, продовжують боротися зі своїми новознайденими здібностями. NTAC, урядова організація, що займається моніторингом 4400, стикається з внутрішньою боротьбою за владу і зростаючим суспільним занепокоєнням. Тим часом стосунки між Томом і Аланою стають напруженими, коли Том дізнається правду про їхнього сина Кайла. У міру того, як 4400 збільшують свою чисельність і вплив, з'являється небезпечна група, відома як "Помічені", що викликає страх і заворушення. З розкриттям змови всередині NTAC, шокуючими зрадами та непередбачуваними альянсами, третій сезон ще глибше занурюється в таємницю, що оточує 4400, і змушує глядачів поставити під сумнів справжні наміри тих, хто перебуває при владі.