У другому сезоні "Ковчега" екіпаж "Ковчега-1", що залишився, продовжує свою місію зі створення людського поселення на Кеплері-418b. Після трагедій першого сезону вцілілі стикаються з новими викликами та загрозами. У сезоні досліджується довгостроковий вплив минулих подій на психіку екіпажу та життєздатність місії. Стосунки випробовуються на міцність у суворій реальності. Нові відкриття про Кеплер-418b дають уявлення про інопланетну цивілізацію, що вимагає адаптації та інновацій. Напруженість між фракціями та системами вірувань зростає, ускладнюючи прийняття рішень та лідерство. Другий сезон обіцяє захопливе продовження, адже екіпаж стикається з більшими перешкодами у своєму прагненні забезпечити виживання людства на далекій планеті.