У третьому сезоні Джонні все більше переслідують видіння Стіллсона і ядерної катастрофи, що насувається. Його одержимість запобігти катастрофічному майбутньому викликає тертя з оточуючими, зокрема з Сарою, Волтом та його терапевтом Брюсом (Джон Л. Адамс). Намагання Джонні запобігти апокаліпсису приводить його до створення нових альянсів, серед яких загадкова жінка на ім'я Ребекка Колдуелл (Сара Вінтер), чия сім'я загинула через махінації Стіллсона. У міру того, як видіння Джонні посилюються, він починає сумніватися, чи дійсно він може змінити хід долі, або ж його дії ненавмисно підштовхують події до катастрофи. Кульмінація сезону наближає Джонні до розгадки таємниці Стіллсона, але залишає майбутнє невизначеним.