У другому сезоні "Певний науковий Рейкотрон" історія продовжує слідувати за Мікото Місака, електромайстром 5-го рівня та членом команди есперів середньої школи Токівадай. Разом зі своїми друзями Куроко Сірай, Казарі Уіхару та Руїко Сатен Мікото виявляється втягнутою в різноманітні таємниці та конфлікти в Академічному місті.
Вони стикаються з групою під назвою "Skill Out", яка планує помститися есперам, що призводить до запеклих боїв і розкриття змови, пов'язаної з експериментами над людьми. Мікото також стикається з особистим викликом, коли зустрічає "Сестер" - серію клонів на основі її власної ДНК, створених для секретного проекту.
У міру того, як сюжет закручується, Мікото дізнається темну правду про експерименти в Академ-Сіті та плани створення еспера 6-го рівня. Вирішивши зупинити звірства, вона йде проти могутніх ворогів, включаючи таємничу організацію під назвою ITEM.
Протягом сезону стосунки Мікото з друзями поглиблюються, адже вони підтримують її у боротьбі з несправедливістю та віддані їй. Поряд із захопливими битвами та драматичними одкровеннями, "Певний науковий Рейкотрон" у другому сезоні заглиблюється у складнощі Академмістечка, його темні таємниці та силу дружби.