Коли війна між автоботами та десептиконами на Землі розгортається, ставки стають вищими, ніж будь-коли. Оптимус Прайм і його команда автоботів стикаються з грізним супротивником у вигляді Мегатрона та його десептиконів. Розгадка таємниць з минулого Кібертрону стає вирішальним фактором у боротьбі за виживання обох рас.
Поява нових персонажів додає конфлікту складності. Автоботи укладають союзи з несподіваними союзниками, тоді як десептикони будують плани, щоб отримати перевагу. Древні трансформери, відомі як "Прайми", відіграють ключову роль у подіях, що розгортаються, розкриваючи таємниці, які можуть змінити хід війни.
Особиста боротьба між трансформерами загострюється, оскільки лояльність піддається випробуванню, а герої стикаються з моральними дилемами. Поки триває битва за Енергон, джерело життя трансформерів, обидві сторони повинні адаптуватися до нових загроз і несподіваних поворотів.
Другий сезон "Трансформерів Прайм" пропонує поєднання екшену, інтриги та розвитку персонажів, тримаючи фанатів у напрузі, поки автоботи та десептикони продовжують свою невпинну боротьбу за панування на Землі.