Другий сезон "Люди Ікс" заглиблюється в особисте життя і боротьбу Людей Ікс, представляючи нових лиходіїв і розширюючи існуючі сюжетні лінії. Сезон розпочинається з драматичного повернення Морфа, який вважався загиблим у попередньому сезоні. Воскреслий зловісним Містером Сіністером, Морф піддається маніпуляціям, щоб помститися своїм колишнім товаришам по команді. Це призводить до значних внутрішніх конфліктів у команді, особливо коли Циклоп і Джин Грей намагаються зміцнити свої стосунки шлюбом, який постійно перебуває під загрозою.
Протягом сезону Люди Ікс стикаються з різноманітними викликами, від боротьби з могутнім Королем Тіней в Африці до протистояння зі смертельним вірусом Спадщини, який загрожує мутантському роду. Сезон також досліджує трагічне минуле Роуґ, розкриваючи її боротьбу зі своїми силами та складні стосунки з прийомною матір'ю Містик. Кульмінацією сезону стане протистояння Людей Ікс з Містером Синістером, який прагне використати генетичний матеріал Циклопа та Джин Грей у своїх мерзенних цілях.