Третій сезон "Люди Ікс" продовжує розвивати складні сюжети попередніх сезонів, вводячи знакові сюжетні лінії з коміксів, такі як "Сага про Фенікса". Сезон значною мірою визначається перетворенням Джин Ґрей на Фенікса, могутню космічну істоту. За цією сюжетною лінією Люди Ікс вирушають у серію космічних пригод, протистоять Імперії Ши'ар та борються з лиходієм Д'Кеном і його союзниками, Зоряними Глушителями.
У сезоні також досліджуються інші важливі арки, такі як минуле Росомахи, пов'язане з альфа-рейсом, таємничі зв'язки Гамбіта з його минулим і поглиблення зв'язку Професора Ікс з Ліландрою, імператрицею Ши'ар. Крім того, Люди Ікс стикаються з загрозами, пов'язаними з Землею, включаючи зустрічі з Джаггернаутом, Магнето і Вартовими, які продовжують становити загрозу для мутантського роду.
Кульмінація Саги про Фенікса призводить до драматичного та емоційного протистояння, коли Люди Ікс повинні боротися з Темним Феніксом, неконтрольованою силою, яка загрожує всесвіту. Ця епічна сюжетна лінія випробовує межі їхніх сил та їхню вірність одне одному.