Дія другого сезону "Ґінтама" відбувається в паралельному періоді Едо, коли Японію захопили прибульці на ім'я Аманто. Самурай Гінтокі Саката та його ексцентричні друзі Кагура і Шінпачі продовжують працювати на випадкових роботах, щоб звести кінці з кінцями.
Сезон починається з того, що Гінтокі звинувачують у злочині й ув'язнюють у сумнозвісній в'язниці, відомій як "Дуга вбивств Сьоґуна". Трійця вирушає на небезпечну місію, щоб довести невинуватість Ґінтокі та розкрити змову, яка загрожує сьоґунату.
У "Прощавай, дуго Шинсенґумі" Йорозуя втягуються у боротьбу за владу між поліцією Шинсенґумі та елітним підрозділом Мімаваріґумі. Коли лідер "Шінсенґумі" Кондо опиняється в критичному стані, Ґінтокі та його друзі мусять знайти спосіб захистити своїх друзів, водночас з'ясувавши правду, що стоїть за цим конфліктом.
Пізніше, у "Вирішальній битві на Ракуйо", Гінтокі та його банда вирушають на Ракуйо, рідну планету Кагури, яка перебуває під контролем Тендошуу, могутнього інопланетного угруповання. Вони об'єднують зусилля з Камуї, рідним братом Кагури, щоб боротися проти Тендошуу і захистити свободу Ракуйо.
Протягом усього сезону різні комедійні та зворушливі епізоди заглиблюються в минуле героїв і розвивають їхні стосунки. Минуле Гінтокі як повстанця Джоуї досліджується в "Дузі чотирьох богинь Кабукічо", тоді як "Дуга матері" розкриває травматичне минуле Кагури з її матір'ю. Посеред цих емоційних подорожей Йорозуя стикаються з різними дивними роботами та кумедними зустрічами з химерними прибульцями, зберігаючи гумористичний тон, яким відома Гінтама.
Наприкінці сезону розкривається минуле Гінтокі як сивочолої дитини на ім'я Шойо, що кидає його в хаотичну битву проти піратів Харусаме. З їхніми зв'язками, що піддаються випробуванню, і їхніми життями на кону, Йорозуя повинні знайти сили боротися за те, у що вони вірять, і захистити своє улюблене місто Едо.
