У тринадцятому сезоні ніндзя стикаються з новою загрозою під час подорожі до таємничого царства Шінтаро. Там вони стикаються з групою підземних істот, відомих як Гекли та Манси, які ведуть давню ворожнечу. Ніндзя мусять долати підступні гірські ландшафти та битися з грізними ворогами, які намагаються завадити могутньому Чаклуну Черепа захопити контроль над Шінтаро. По дорозі вони розкривають правду про темні плани Чаклуна Черепа та стикаються з особистими викликами, які випробовують їхню єдність та силу.