Продовжуючи свої пригоди, четверо героїв-ніндзя опиняються під водою у водному царстві, відомому як Глибини. Там вони зустрічаються з Мерлоками - цивілізацією морських істот, яким загрожує страшна небезпека від підступного принца Калмаара. Ніндзя повинні використати свої стихійні сили під водою і вирушити у небезпечну подорож, щоб знайти могутній Амулет Хвилі, який є ключем до відновлення миру у підводному царстві. Протягом своєї подорожі вони стикаються зі страшними випробуваннями, зустрічаються з міфічними морськими істотами та розгадують таємниці океанських глибин.