У 1964 році в католицькій школі в Бронксі сестра Алоїза, сувора і безкомпромісна директорка, запідозрила, що між харизматичним отцем Флінном і одним з учнів, 12-річним хлопчиком на ім'я Дональд Міллер, виникли близькі стосунки. Переконана, що отець Флінн знущається над Дональдом, сестра Алоїза розпочинає невпинну місію, щоб викрити правду. Незважаючи на відсутність вагомих доказів, вона протистоїть отцю Флінну, що призводить до битви воль між двома сильними характерами. Сестра Джеймс, молода та ідеалістична монахиня, також опиняється посередині, оскільки вона бореться з власними сумнівами щодо звинувачень. У міру того, як спільнота стає розділеною, фільм досліджує теми віри, сумнівів і природи моральної впевненості. З неоднозначним фіналом, "Сумнів" змушує глядачів поставити під сумнів власні переконання та справжню природу справедливості.