У третьому сезоні команда «Притулку» вирушає в глобальні пригоди, оскільки їхня боротьба за захист абнормалів посилюється. Після розгрому Кабали з'являється нова організація, відома як Праксис, і її таємне підземне місто абнормалів стає центром уваги. Магнус розкриває багатовікову змову за участю Порожньої Землі, прихованого світу під поверхнею, де процвітають стародавні цивілізації абнормалів.
Сезон глибше занурюється у походження абнормалів і досліджує етичні дилеми їхнього захисту, одночасно керуючи зростаючою напругою між людьми та абнормалами. Магнус та її команда подорожують небезпечними та екзотичними місцями, розкриваючи нові таємниці, зокрема справжню природу загадкової Великої Берти, могутнього абнормала, здатного знищити світ.
Тим часом Вілл і Генрі стикаються з особистими проблемами, які випробовують їхню відданість Прихистку, а нові союзники, такі як Кейт Фрілендер (Агам Дарші), продовжують розхитувати командну динаміку. Кульмінацією сезону стає відповідальна місія із запобігання війні між людьми та абнормалами, під час якої Магнус йде на сміливі жертви заради захисту обох світів. У фіналі команда опиняється на межі колапсу, а майбутнє Притулку залишається невизначеним, оскільки з Порожньої Землі з'являються нові загрози.