У другому сезоні "Притулку" доктор Гелен Магнус (Аманда Таппінг) та її команда продовжують свою місію із захисту «абнормалів», надзвичайних істот, що живуть серед людей. Події сезону розгортаються після розв'язки першого сезону, коли дочкою Магнус Ешлі (Емілія Уллеруп) маніпулює тіньова організація «Кабала», яка використовує її для ведення війни проти Притулку. Команда повинна боротися з руйнівними наслідками нападу «Кабали», включаючи перетворення Ешлі на небезпечного ворога.
Протягом сезону Маґнус та її команда, до якої входять Вілл Циммерман (Робін Данн), Генрі Фосс (Райан Роббінс) і Снігова людина (Крістофер Гейєрдал), стикаються з новими загрозами від абнормалів-ізгоїв та небезпечними експериментами, що пішли не так, як треба. Таємниця П'ятірки - групи вчених, включаючи Магнуса, які експериментували з абнормалами в 19 столітті - поглиблюється, з одкровеннями про їхні здібності та історію.
Сезон також досліджує особисту динаміку команди Притулку, коли вони мають справу з втратами, новими альянсами та постійною небезпекою, яку становлять абнормали та «Таємна організація». У фіналі сезону Магнус стикається з новою потужною загрозою зі свого минулого, і майбутнє команди залишається невизначеним.