У 9 сезоні "Мовчазного свідка" команда судово-медичних патологоанатомів Центру Лайєлла на чолі з доктором Семом Райаном стикається з низкою складних і моторошних справ.
Сезон починається з розслідування трагічної смерті молодої студентки, тіло якої знайшли в річці. Розкриваючи правду про її смерть, вони натрапляють на мережу незаконної діяльності, пов'язаної з наркотиками та студентськими азартними іграми.
Далі вони заглиблюються у справу, пов'язану з підозрюваним серійним убивцею. Команда змагається з часом, щоб знайти вбивцю, відповідального за серію жорстоких вбивств, кожна жертва яких має моторошну схожість. З почуттям невідкладності вони переслідують зачіпки, аналізують докази і розкривають шокуючий поворот, який шокує всю команду.
В іншому випадку Центр Лайєлла викликають на дослідження останків жінки, знайдених на будівельному майданчику. Ідентифікуючи її та заглиблюючись у її минуле, вони розкривають павутину брехні, зради та небезпечного любовного трикутника, що наближає їх до правди про її смерть.
Тим часом команда стикається із заплутаною справою, пов'язаною з отруєнням чадним газом. Розслідуючи її, вони розуміють, що те, що спочатку здавалося нещасним випадком, насправді може бути навмисним вбивством, причому хтось використав смертельний газ як зброю.
На тлі цих складних справ Центр Лайєлла також повинен мати справу з внутрішньою боротьбою і особистими конфліктами всередині команди. У міру того, як напруга зростає і довіра піддається випробуванню, вони повинні знайти спосіб ефективно працювати разом, забезпечуючи правосуддя і з'ясування істини.