У шостому сезоні "Губки Боба Квадратні Штани" улюблені герої з Бікіні Боттом продовжують вирушати в химерні пригоди і стикатися з новими викликами.
Губка Боб потрапляє в низку кумедних пригод, зокрема, отримує занозу на роботі, намагається вибрати собі домашнього улюбленця та випадково зменшується. Він також стає учасником реаліті-шоу і занурюється у свою уяву, створюючи уявного друга.
Тим часом Патрік знаходить таємний камінь, який виконує бажання, що призводить як до кумедних, так і до катастрофічних наслідків. Він також стає одержимим карате і намагається навчити Губку Боба своїх нових навичок.
У цьому сезоні Сквідвард переживає неабияку порцію розчарувань, від того, що його мучить безперервна життєрадісність Губки Боба, до того, що зникає його найцінніше майно. Він також влаштовується на роботу кулінарним критиком, що призводить до неочікуваних наслідків.
Містер Крабс також стикається з численними викликами: від проникнення грабіжника до боротьби з новим рестораном-конкурентом, який загрожує вивести "Красті Краб" з бізнесу. Він також отримує цінний урок про важливість сім'ї під час зворушливого епізоду на День подяки.
Планктон продовжує свою невпинну гонитву за секретною формулою "Краббі Петті", вдаючись до різноманітних схем та маніпуляцій. Однак його плани завжди зриваються Губкою Бобом та його друзями.
Протягом сезону мешканці "Бікіні Боттом" збираються разом на різноманітні заходи, серед яких танцювальний батл, шоу талантів і навіть благодійний вечір. З їхніми чудернацькими характерами та милими стосунками вони долають злети й падіння підводного життя, даруючи нескінченний сміх і цінні життєві уроки.