У другому сезоні "Зоряні війни: Війни клонів" галактичний конфлікт між Республікою та Сепаратистами загострюється. Енакін Скайвокер та його учениця Асока Тано продовжують вести своїх клонів у бій, стикаючись з новими викликами та укладаючи несподівані союзи. Під час своїх місій вони стикаються з таємничими і смертоносними Нічними сестрами Датоміра, які мають власні зловісні плани. Тим часом магістр джедаїв Обі-Ван Кенобі розслідує змову, в якій замішана герцогиня Мандалора Сатіна та її минулі зв'язки з "Вартою смерті" - групою, що прагне повалити її пацифістське правління. Поки триває війна, Асока стикається з особистою дилемою, коли її лояльність ставиться під сумнів, що врешті-решт змушує її протистояти власним переконанням і прийняти складне рішення. З кожною битвою межа між добром і злом стає все більш розмитою, і Війни клонів виявляються складним і морально непростим конфліктом.