У третьому сезоні "Зоряні війни: Війни клонів" галактику охопила війна між Сепаратистами та Республікою. Лицарі-джедаї Енакін Скайвокер та Обі-Ван Кенобі разом зі своєю ученицею Асокою Тано продовжують очолювати війська Республіки проти армії дроїдів. З ескалацією конфлікту вони стикаються з новими викликами та небезпечними місіями.
У сезоні представлено кілька сюжетних дуг, кожна з яких досліджує різні аспекти Війни клонів. В одній з них Енакін та Обі-Ван розслідують таємниче зникнення солдата-клона на віддаленій планеті, що приводить їх до моторошного відкриття. Тим часом, Асока займає центральне місце у своїй власній арці, оскільки вона стикається зі своєю вірністю та відданістю Ордену джедаїв, ставлячи під сумнів власну роль та місце у війні.
Сезон також заглиблюється в політичні інтриги галактики, оскільки Сенат Республіки стикається з корупцією та маніпуляціями зсередини. Падме Амідала, сенатор і таємна дружина Енакіна, виявляється вплутаною в небезпечну змову, яка загрожує не лише її життю, а й стабільності Республіки.
Конфлікт між джедаями та їхніми супротивниками ситхами також загострюється, оскільки Дарт Сідіус маніпулює подіями з тіні. Новий темний учень, Савейдж Опресс, стає потужним інструментом у руках ситхів, несучи хаос і руйнування всюди, де він з'являється.
Завдяки приголомшливим візуальним ефектам, захоплюючим битвам і глибокому розвитку персонажів, третій сезон "Зоряні війни: Війни клонів" продовжує досліджувати величезний всесвіт "Зоряних воєн", розширюючи міфологію і забезпечуючи більш глибоке розуміння подій, що призвели до культової серії фільмів.