У п'ятому сезоні "Зоряні війни: Війни клонів" галактика все ще охоплена жорстокою Війною клонів між Республікою та Сепаратистським Альянсом. Орден джедаїв та їхні солдати-клони стикаються з новими викликами, які випробовують їхню вірність, силу та моральні орієнтири.
Сезон відкриває Асока Тано, учениця Енакіна Скайвокера, звинувачена в жахливому злочині, якого вона не скоювала. Коли вона постає перед судом, Енакін разом зі своїм вірним падаваном намагається докопатися до правди та очистити її ім'я. Тим часом сепаратисти випускають на волю небезпечну зброю - дроїда-коммандос, що призводить до запеклих боїв на різних планетах.
Прагнучи отримати перевагу над Республікою, Лорд Ситхів Дарт Мол і його брат Саваж Опресс продовжують своє правління терору. Вони формують власну кримінальну імперію, отримуючи контроль над різними злочинними синдикатами. Накопичуючи владу, вони привертають увагу джедаїв, що призводить до епічного протистояння між Молом, Опресом та Обі-Ваном Кенобі.
Сезон заглиблюється в особисту боротьбу джедаїв, підкреслюючи їхнє почуття обов'язку та самопожертви. Внутрішній неспокій Енакіна зростає, коли він розчаровується в рішеннях Ради джедаїв. Коли війна загострюється, він розривається між вірністю Республіці та бажанням захистити тих, кого любить.
Тим часом Рада джедаїв стикається з внутрішнім конфліктом, обговорюючи свою роль у війні. Одні ставлять під сумнів моральні наслідки своїх дій, інші виступають за більш агресивний підхід. Ця напруженість призводить до глибоких наслідків для Ордену джедаїв і майбутнього галактики.
Протягом усього сезону глядачі спостерігають за зростанням і розвитком різних персонажів, зокрема капітана Рекса, який формує глибокий зв'язок з групою клонів-відступників. Клони стикаються з власною боротьбою, ставлячи під сумнів своє призначення та ідентичність як розумних істот, створених виключно для війни.
З кожним сезоном альянси руйнуються, вірність випробовується на міцність, а над галактикою нависає темрява. Війни клонів продовжують визначати долю всесвіту "Зоряних воєн", готуючи ґрунт для вирішальної битви між добром і злом.