У 5 сезоні серіалу "Бюро легенд" минає вісім місяців після подій попереднього сезону. Вибухнув міжнародний скандал після того, як у ЗМІ з'явилася історія загибелі Малотрю. Представники спецслужб розшукують Сезара після того, як йому не вдалося потрапити на рейс до Латвії. Працівники Бюро побоюються, що він став жертвою викрадення. Тим часом Елленштейн сповнений сумнівів, а Павло Лебедєв приступає до роботи у ФСБ. Через деякий час він розуміє, що до нього з підозрою ставиться один зі співробітників служби безпеки Бакатін. Той, у свою чергу, вирішує провести власне розслідування.