Третій сезон "Книга друзів Нацуме" розповідає про пригоди підлітка Такаші Нацуме, який може бачити духів. Він успадкував від своєї бабусі книгу під назвою "Книга друзів", яка містить імена різних духів, яких вона перемогла. Нацуме прагне повернути ці імена їхнім законним власникам, водночас не забуваючи про власну боротьбу. У цьому сезоні Нацуме продовжує зустрічатися і дружити з різними духами, намагаючись тримати свої здібності в таємниці від однокласників. За допомогою свого вірного духа-супутника, Ньянко-сенсея, Нацуме балансує на тонкій межі між світом людей і світом духів. Зближуючись з духами, яких він зустрічає, Нацуме дізнається більше про їхнє минуле та зв'язки, які вони поділяють з людьми. Паралельно зі спробами звільнити духів з "Книги друзів", Нацуме також бореться з почуттям самотності та ізоляції. Він прагне знайти своє місце у світі та налагодити зв'язок з тими, хто його розуміє. Хоча подорож часто пов'язана з небезпекою та емоційними потрясіннями, непохитна доброта та емпатія Нацуме слугують йому дороговказом. З плином сезону стосунки Нацуме з духами і людьми поглиблюються, приводячи його до глибшого розуміння себе і навколишнього світу.