У другому сезоні "Таємниці Смолвіля" Кларк Кент продовжує долати виклики підліткового віку, відкриваючи свої надзвичайні здібності. Переходячи на другий рік навчання у старшій школі, Кларк стикається з новими перешкодами та особистими дилемами.
Відносини Кларка з Ланою Ленг ускладнюються, оскільки він повинен розібратися у своїх почуттях до неї, а також мати справу з прибуттям Адама Найта, харизматичного нового учня з таємничим минулим. Тим часом найкраща подруга Кларка, Хлоя Салліван, продовжує своє журналістське розслідування, розкриваючи таємниці таємничої організації, відомої як LuthorCorp.
Прийомні батьки Кларка, Джонатан і Марта Кент, борються зі здібностями свого сина і повинні приймати складні рішення, щоб захистити його. Одержимість Лекса Лютера розкрити таємницю Кларка посилюється, що призводить до небезпечної гри в кішки-мишки між двома друзями-ворогами.
Коли Кларк починає усвідомлювати своє криптоніанське походження, він стикається з іншими людьми з надлюдськими здібностями, в тому числі з грізним Кларком Кентом з альтернативної реальності. З новознайденими силами Кларк повинен навчитися контролювати і опанувати свої дари, а також зіткнутися з грізними ворогами, такими як мстива Тіна Грір і невблаганний Домінік Сенаторі.
Протягом сезону Кларк починає приймати свою долю захисника Землі і поступово перетворюється на культового супергероя - Супермена. Однак шлях до героїзму сповнений жертв і складного вибору, що змушує Кларка ставити під сумнів власну людяність і неминучість наслідків своїх вчинків. "У другому сезоні "Смолвіля" досліджуються теми ідентичності, любові та боротьби між добром і злом у міру того, як продовжує розгортатися шлях Кларка до становлення Супермена.