У шостому сезоні "Таємниці Смолвіля" Кларк Кент продовжує свій шлях до того, щоб стати Суперменом, і стикається з новими викликами у своєму подвійному житті. Після зникнення Лекса Лютера, який вважається загиблим, Кларк повинен розібратися з наслідками і зростаючим впливом Лайонела Лютера.
Намагаючись збалансувати свої обов'язки як учня школи Смолвіля та супергероя, Кларк виявляє, що він не єдиний у місті з надзвичайними здібностями. Починає з'являтися група інфікованих метеоритами людей, відомих як "метеоритні виродки", які спричиняють хаос і становлять загрозу для Кларка та його близьких.
Тим часом стосунки Кларка з подругою дитинства Ланою Ленг стають напруженими, оскільки вона втягується в небезпечний і таємничий роман з Джейсоном Тігом, новим учителем школи Смолвіля. Кларк також знаходить розраду в дружбі з Хлоєю Салліван, яка теж має до нього почуття.
Окрім особистих стосунків, Кларк стикається з грізними лиходіями зі всесвіту коміксів DC Comics. Він стикається з Брейніаком, високоінтелектуальним і маніпулятивним штучним інтелектом, який був посланий на Землю з місією вбити Кларка і захопити світ. Кларк також стикається з могутнім і мстивим Зодом, криптоніанським воєначальником, який володіє здатністю вселятися в людські тіла.
Протягом сезону сили Кларка розвиваються, а його розуміння криптоніанської спадщини поглиблюється. Його направляють прийомні батьки, Джонатан і Марта Кент, які пропонують непохитну підтримку і мудрість на його шляху. У напруженому фіналі Кларк стикається з доленосним рішенням, яке визначить його подальшу долю і безпеку Смолвіля.