У третьому сезоні "Таємниці Смолвіля" Кларк Кент продовжує свій шлях самопізнання і приймає свою долю супергероя, Супермена. Коли Кларк вступає до випускного класу середньої школи, він стикається з численними викликами і стикається зі своєю справжньою ідентичністю.
Сезон розпочинається зі знайомства Кларка з новим учнем Адамом Найтом, який приховує загадкову таємницю. Тим часом стосунки Кларка з Ланою Ленг ускладнюються через її настирливого колишнього хлопця Вітні Фордмана, який записується в морську піхоту.
Найкраща подруга Кларка, Хлоя Салліван, опиняється в небезпечній ситуації, коли дізнається про таємне товариство "Верітас" і розслідує його зв'язок з минулим Кларка. Прийомні батьки Кларка, Джонатан і Марта Кент, також виявляють здібності свого сина, що викликає напругу в родині.
Коли Кларк заглиблюється у своє інопланетне походження, він зустрічає Джор-Ела, свого біологічного батька, який попереджає його про катастрофу, що насувається, відому як "День Розплати". Щоб підготуватися, Кларк проходить інтенсивні тренування і набуває нових здібностей.
Прибуття трьох могутніх криптоніанських лиходіїв - генерала Зода, Нам-Ека та Етіра - становить значну загрозу для Смолвіля. За допомогою друзів і сім'ї Кларк бореться з цими грізними ворогами, водночас намагаючись зберегти свою таємну особистість.
Протягом сезону стосунки Кларка з Лексом Лютером стають напруженими, оскільки Лекс стає все більш одержимим розкриттям таємниці Кларка. Кларк стикається з моральними дилемами, намагаючись врятувати Лекса від його власного руйнівного шляху.
На додаток до своїх обов'язків супергероя, Кларк має справу з типовими підлітковими проблемами, включаючи романтичні захоплення і боротьбу з ідентичністю та прийняттям. Зіткнувшись з викликами, які приходять з геройством, Кларк повинен вирішити, як збалансувати своє особисте життя з обов'язком захищати своїх близьких і світ.