У п'ятому сезоні "Таємниці Смолвіля" Кларк Кент продовжує свою подорож, щоб стати Суперменом. Коли Кларк переходить у старший клас середньої школи, він стикається з новими викликами і таємницями в маленькому містечку Смолвілль.
Лекс Лютер, тепер генеральний директор LuthorCorp, стає все більш одержимим розгадкою таємниці Кларка. Тим часом стосунки Кларка з Ланою Ленг стають напруженими, оскільки таємниці та брехня загрожують розірвати їх.
Новий лиходій, Мілтон Файн, прибуває до Смолвіля під виглядом професора Джозефа Віллоубрука. Файн має намір випустити на Землю могутніх в'язнів Фантомної зони, і Кларк повинен зупинити його, поки не стало надто пізно.
Кларк також знайомиться з Артуром Каррі, юнаком, що вміє дихати під водою, і між ними зав'язується дружба. Кларк дізнається більше про своє криптоніанське походження від Джор-Ела, свого біологічного батька, який дає йому новий суперкостюм і навчає контролювати свої сили.
Протягом сезону дружба Кларка з Хлоєю Салліван ускладнюється, коли у неї з'являється романтичний інтерес до нього. Крім того, до Смолвіля прибуває таємнича жінка на ім'я Кара, яка стверджує, що є кузиною Кларка з Криптону.
У кульмінаційному фіналі Кларк стикається зі своїм наймогутнішим ворогом - генералом Зодом, який заволодів тілом Лекса. Кларк повинен прийняти руйнівне рішення, щоб врятувати світ, і ризикує втратити все, що йому дорого. П'ятий сезон "Таємниці Смолвіля" наповнений захопливим екшеном, зворушливими моментами та подальшим перетворенням Кларка Кента на героя, яким йому судилося стати.