У 4 сезоні "Таємниці Смолвіля" маленьке містечко Смолвіль стикається з новими викликами, коли Кларк Кент розпочинає свій випускний рік у старшій школі. Таємні здібності Кларка продовжують розвиватися, і він знаходить таємничу печеру, яка містить важливу інформацію про його позаземне походження. Заглиблюючись у свою криптоніанську спадщину, він дізнається про три камені, які йому потрібно знайти і які мають величезну силу. Тим часом Лекс Лютер починає проявляти темні тенденції, оскільки він стає одержимим ідеєю отримати камені для власної вигоди. Стосунки Кларка піддаються випробуванню, оскільки він намагається знайти спільну мову між складною дружбою з Лексом і квітучим романом з Ланою Ленг. У сезоні також з'являється Лоїс Лейн, вольова журналістка, яка приїжджає до Смолвіля, щоб розкрити правду про зникнення свого кузена. Поки Кларк бореться зі своєю долею, він повинен протистояти новим ворогам, включаючи могутню і маніпулятивну відьму Ізобель і злу версію себе з паралельного всесвіту. З допомогою друзів, серед яких Хлоя Салліван і Піт Росс, Кларк вирушає в подорож, щоб розкрити свій потенціал і захистити Смолвілль від сил темряви. Наприкінці сезону Кларк постає перед болісним вибором, який визначить долю його стосунків і баланс сил між добром і злом у Смолвілі.