В 11 сезоні серіалу "Секретні матеріали" тривають події, які несподіваним для всіх чином перервалися наприкінці попереднього сезону. Фокс Малдер і Дана Скаллі все ще не втрачають надії і продовжують пошуки свого зниклого сина Вільяма. При цьому вони встигають розкрити кілька загадкових справ, викрити монстрів і послідовників жахливих культів. Тим часом заступника директора Федерального бюро розслідувань Скіннера переслідують тіні з його минулого. Агенти стикаються з низкою загадкових смертей. Жертви прийняли смерть від рук своїх власних дітей. Малдер і Скаллі потрапляють до близнюків, які ведуть небезпечну гру.