У 6 сезоні серіалу "Секретні матеріали" доблесні Фокс Малдер і Дана Скаллі знову приступають до розслідування містичних явищ. Однак це відбувається не одразу - спершу їм доведеться пережити розставання один з одним і відсторонення від справ. Малдер зіткнеться з психологічним захворюванням, яке змусить його вдатися до послуг агента Фоулі. Дані та Фоксу належить з'ясувати жахливу правду про діяльність Синдикату і колонізацію прибульців. Заступник директора Керш надає Скаллі можливість знову почати розслідувати важливі справи. Але для цього їй доведеться розпрощатися зі своїм напарником Фоксом. Скаллі їде до Нью-Йорка.