У 2 сезоні серіалу "Секретні матеріали" після загибелі інформатора відділ закривають, а Малдер повертається до обов'язків рядового агента. Однак ця робота швидко йому набридає. Він хотів би займатися чимось більш серйозним і суттєвим. До того ж Малдера не полишає відчуття, що за ним встановлено стеження. Потім з'ясовується, що Скаллі виявляється викрадена прибульцями з іншої планети. Замість неї деякий час із Малдером веде справи юний агент Алекс Крайчек. Чоловіки займаються розслідуванням загадкових випадків, часто пов'язаних із втручанням представників інопланетної раси.