У другому сезоні "Зоряної брами SG-1" команда на чолі з полковником Джеком О'Нілом продовжує дослідження далеких планет через Зоряну браму - портал, створений давньою інопланетною цивілізацією. По дорозі вони стикаються з новими загрозами та розкривають важливі таємниці. Древній Гоаулд на ім'я Хатор прокидається і використовує свої спокусливі сили, щоб маніпулювати чоловіками-членами команди. Намагаючись перемогти її, команда розплутує змову, в якій беруть участь негідники з NID, що таємно працюють з Гоаулдами. Команда також стикається з ТокРа, фракцією повсталих Гоаулдів, які виступають проти своїх тиранічних братів і формують альянс. Вони повинні працювати разом, щоб врятувати Землю від неминучої атаки. Протягом сезону команда дізнається більше про історію Гоаулдів та їхній зв'язок із Землею. Вони знаходять потужний пристрій, відомий як Око Ра, який може бути використаний як зброя проти Гоаулдів. Крім того, вони стикаються з новим ворогом - реплікаторами, які здатні до самовідтворення і становлять серйозну загрозу не тільки для Землі, але й для самих Гоаулдів. З кожною місією команда стикається не лише з фізичними викликами, а й з особистими випробуваннями, які зміцнюють їхній зв'язок і рішучість захистити людство від позаземних загроз.