6-й сезон "Зоряної брами SG-1" розповідає про команду SG-1, яка продовжує захищати Землю від різних інопланетних загроз. Вони стикаються з новим могутнім супротивником на ім'я Анубіс, Гоаулдом, який прагне панування над галактикою. SG-1 повинна знайти спосіб зупинити його, одночасно розбираючись з наслідками подій попереднього сезону.
Сезон починається з того, що команда вирушає на місію з порятунку Деніела Джексона, який опинився в пастці на іншому рівні існування. Їм вдається повернути його назад, але він вже інший, з новими знаннями та здібностями. Намагаючись зрозуміти ступінь його трансформації, SG-1 також стикається з групою негідників з NID, які використовують інопланетні технології для власної вигоди.
Тим часом Анубіс продовжує набирати силу, збираючи армію вірних воїнів Джаффа та передові технології. Він починає напад на Землю, змушуючи SG-1 захищати рідну планету від переважаючих сил. Однак перемога дається їм дорогою ціною, адже на далекій чужій планеті застряг улюблений член команди.
Протягом сезону SG-1 стикається з різними викликами, серед яких небезпечна зустріч зі штучним інтелектом суперкомп'ютера та місія з пошуку загубленого артефакту Древніх. Вони також розкривають змову в уряді, яка приводить їх до нелегальної програми Зоряних воріт, що працює паралельно з їхньою власною.
У гонці з часом SG-1 повинна зупинити Анубіса від активації потужної зброї, яка може знищити цілі цивілізації. Коли доля галактики висить на волосині, вони виконують свою найскладнішу і найнебезпечнішу місію, ризикуючи всім, щоб врятувати всесвіт від остаточного знищення.
Завдяки напруженому екшену, заплутаній історії та дослідженню складних моральних дилем, 6-й сезон "Зоряної брами SG-1" демонструє непохитну відданість команди захисту Землі та заглиблюється у міфологію всесвіту Зоряної брами.