У п'ятому сезоні "Зоряної брами SG-1" команда SG-1 продовжує свою місію з дослідження нових світів через Зоряну браму. Вони стикаються з новими загрозами та викликами у боротьбі з підступними Гоаулдами, паразитичною інопланетною расою, яка прагне домінувати в галактиці.
Команда стикається з новим могутнім ворогом, відомим як реплікатори - самовідтворювані машини, що пожирають усе на своєму шляху. SG-1 має знайти спосіб зупинити поширення реплікаторів, які поглинають цілі цивілізації.
Окрім цієї загрози, вони також стикаються з поверненням NID, корумпованої земної організації, яка прагне використати технологію, відкриту через Зоряну браму, для особистої вигоди. SG-1 повинна боротися зі зрадою та обманом у власних лавах, працюючи над викриттям та ліквідацією NID.
Протягом сезону команда подорожує до різних планет і формує альянси з різними інопланетними расами. Вони знаходять прихований аванпост Древніх, де зберігаються передові технології та цінні знання про історію галактики. Вони також стикаються з розвиненою цивілізацією Ашенів, чиї плани щодо Землі не такі доброзичливі, як здається на перший погляд.
У своїх постійних пошуках до SG-1 приєднуються знайомі обличчя та нові союзники, серед яких ТокРа, фракція повстанців Гоаулдів, що борються проти свого виду. Вони виконують небезпечні місії, стикаються з ситуаціями життя і смерті і, зрештою, відіграють вирішальну роль у захисті Землі та галактики від різноманітних загроз.
Протягом сезону між членами команди розвиваються особисті стосунки, перевіряючи їхню відданість та відданість місії. Незважаючи на складнощі особистого життя, члени SG-1 повинні зберігати зосередженість і рішучість, щоб захистити Землю і зберегти свободу у всьому всесвіті.