У третьому сезоні стосунки в групі стають складнішими. Роман Леонарда і Пенні, який то спалахує, то згасає, займає центральне місце, в той час як Шелдон бореться зі своїми почуттями щодо особистих зв'язків. Спроби Говарда зустрічатися з жінками призводять до комічних невдач, а вибірковий мутизм Раджа продовжує створювати кумедні ситуації. Кульмінацією сезону стає драматичний фінал, який випробовує на міцність дружбу та романтичні стосунки.